Cientista reconhecido, retornou ao país para continuar suas pesquisas, mas virou o principal articulador do processo de independênciaPetalita, criolita, espodumênio, escapolita: estes quatro tipos de pedras foram descobertas e descritas pelo mineralogista José Bonifácio de Andrada e Silva, então com 56 anos e após ter vivido 38 deles na Europa, onde é considerado um dos mais importantes cientistas de Portugal.
Renomado em todo o continente, tornou-se membro das corporações científicas mais exclusivas. Seu brilhantismo, revelado quando aluno em Coimbra, recebeu como prêmio uma bolsa para estudar mineralogia e química com os maiores mestres. E durante dez anos, a Coroa portuguesa custeou suas viagens por uma dúzia de países.
De volta a Lisboa, José Bonifácio é coberto de honras: torna-se o primeiro catedrático de metalurgia do país, assume o posto de intendente-geral das minas e metais do reino, é nomeado superintendente das Obras Públicas de Coimbra. Torna-se um figurão. Mas está cansado. Diz querer retornar ao Brasil, a terra natal, e terminar seus dias como um fazendeiro pacato, estudando suas pedras longe da vida pública.
Dura apenas dois anos seu descanso no sítio de Santos. O Brasil ferve, em 1821, quando D.João VI retorna a Portugal, deixando seu filho, Pedro, como Regente. Guindado à condição de porta-voz do desejo popular por autonomia, José Bonifácio acaba eleito para a Junta Governativa de São Paulo. Informado de que a Corte ordenara o retorno de D. Pedro a Lisboa, ele escreve ao príncipe: “Vossa Alteza Real deve ficar, ou terá que responder pelo rio de sangue que correrá no Brasil.” O Regente decide não viajar: é o “Dia do Fico”.
Uma semana depois, José Bonifácio é nomeado ministro do Reino e de Estrangeiros. Posição da qual articula o processo que levará à independência. Mina a oposição interna, obtém alianças com potências estrangeiras, aplaina divergências, costura o apoio das províncias. Em fins de agosto, quando as cortes lisboetas resolvem reduzir os poderes do Regente, Andrada escreve novamente a D. Pedro: “A sorte está lançada e, de Portugal, não temos a esperar nada senão escravidão e horrores.” Em 7 de setembro, ao receber a carta, D. Pedro declara o Brasil independente.
Ainda não chegou, contudo, o momento de descanso para José Bonifácio. Envolvido em intrigas, incorre na ira do Imperador, sendo preso e expulso do país, em 1823. Retorna seis anos depois, para reconciliar-se com seu algoz. Ao abdicar do trono, D. Pedro pede que o amigo seja o tutor de seus filhos. José Bonifácio exerce por pouco tempo a função. Perseguido, combatido por defender o fim da escravidão e do latifúndio, é afastado, em 1833, e mantido preso em sua casa na Ilha de Paquetá. Aos 70 anos, sequer responde ao processo por conspiração que lhe movem.
O cientista aproveita os anos finais para fazer o que planejara 15 anos antes, quando retornara à terra natal: levar uma vida pacata entre livros e minerais.